Čestné členství v České společnosti pro ekologii uděluje výbor významným osobnostem s výrazným přínosem pro českou a světovou ekologii. Dosud bylo čestné členství uděleno následujícím osobnostem:

2013: prof. Jan Květ, prof. Milena Rychnovská, Dr. Blanka Úlehlová

2015: Dr. Věra Straškrabová

2022: prof. Jan Lepš, prof. Marcel Rejmánek